Die Endothelmikroskopie untersucht die innerste Schicht der Hornhaut. Dabei werden mit einer hochpräzisen, computergestützten Spezialkamera die Anzahl der Endothelzellen und deren Aussehen analysiert, um so Rückschlüsse auf die Funktionsfähigkeit und die Gesundheit der Hornhaut zu ermitteln. Erst durch die Endothelmikroskopie kann eine verminderte Endothelzellzahl aufgedeckt werden, die bei einer spaltlampenmikroskopischen Untersuchung der Hornhaut nicht festgestellt wird.